Как я могу по-настоящему отключить ssh-сервер?

Supongo que te refieres a nombres de archivo que comienzan con un punto (.), puedes ignorarlos. Lo que pasa con inotifywait --excludees que el patrón parece coincidir con la ruta completa del archivo, por lo que deberá tenerlo en cuenta.

Entonces, si le da a inotifywaitlos directorios fooy barpara ver, entonces los patrones coinciden con los nombres de archivo como foo/something, bar/somethingelse. Como es habitual en las expresiones regulares, debe escapar del punto.

Esto debería vigilar todas las creaciones en el directorio actual excepto los archivos de puntos (es una expresión regular, por lo que debemos escapar de los puntos):

inotifywait -ecreate -m --exclude '^\./\.'.

O, menos específicamente, excluir archivos de puntos en cualquier directorio, buscando la combinación de una barra oblicua y un punto:

inotifywait -ecreate -m --exclude '/\.' foo bar

Eso, por supuesto, no funcionará si está viendo un directorio con un punto inicial en alguna parte de la ruta; coincidirá con todo en ese camino.