Как мне избежать поиска совпадающих строк с помощью -

grep -x 'AFFX-KIT-000088' file

-xинициирует совпадение полной строки.

Вы также можете добавить -F, так как вы сопоставляете со строкой, а не с регулярным выражением. Возможно, это ускорит операцию.

Параметр -wздесь не работает, так как -не является "словесным символом". Таким образом, подстрока AFFX-KIT-000088в AFFX-KIT-000088-Aявляется полным словом.

«Слово-символы» — это символы, соответствующие [[:alnum:]_], т. е. буквенно-цифровые символы и подчеркивание.

В данных нескольких столбцов -, при условии, что табуляция -разделяет поля и соответствует в столбце 3:

awk -F '\t' '$3 == "AFFX-KIT-000088"' file

То есть сравнение 3-го поля с определенной строкой.

Если для такого условия отсутствует связанное с ним действие, действие по умолчанию — распечатать всю входную запись, если условие верно . Если вы просто хотите распечатать данные поля:

awk -F '\t' '$3 == "AFFX-KIT-000088" { print $3 }' file