Проблема с функцией while в скрипте AWK
Edite su lista de fuentes de la siguiente manera:
#deb cdrom:[Debian GNU/Linux 2018.1 _Kali-rolling_ -
#Official Snapshot amd64 LIVE/INSTALL Binary 20180126-21:23]/ kali-last-snapshot contrib
#main non-free
deb http://http.kali.org/kali kali-rolling main non-free contrib
# deb-src
O simplemente ejecute:
echo deb http://http.kali.org/kali kali-rolling main contrib non-free > /etc/apt/sources.list
Debe comentar la segunda y la tercera línea en su sources.list.
Либо awkиспользуемый вами (GNU awkилиmawk)не сбрасывает данные, записанные в файл out1, когда вы его записываете, либо awkничего не читает из дескриптора файла, который вы держите открытым для записи. Это означает, что когда вы затем читаете из этого файла в блоке END, данные не считываются. Реализации BSD awk, похоже, не имеют этой проблемы, и ваш код работает, как и ожидалось, например, на. OpenBSD и macOS.
Решение простое: безоговорочно используйте close(out1)в блоке ENDперед чтением из него с помощью getline. В настоящее время вы закрываете его после чтения из него.
Кроме того, подумайте о том, чтобы быть немного более последовательным с вашими >и >>. Я считаю, что в этом коде вы можете использовать >.
Не ответ, так как @Kusalananda уже сказал вам, что не так, но давайте немного приведем ваш скрипт в порядок, чтобы сделать его читабельным и иметь немного меньше дублирования кода:
FNR == 1 {
if ( NR != 1 ) {
endfile()
}
avgLT = totFrames = denom = 0
out1 = "analLT_" FILENAME
out2 = "sumLT_" FILENAME
out3 = "reportLT.txt"
print "-> Input file is: " FILENAME > out3
next
}
{
avgLT += $4
totFrames += $5
++denom
printf "%10.4f %10.1f\n", $4, $5 > out1
}
END {
endfile()
}
function endfile( x, avgAvgLT, avgFrames, sd_avgLT,
semAvgLT, sd_totFrames, semTotFrames )
{
if (avgLT == 0 && denom == 0 ) {
x = "\nNO DATA POINTS IN INPUT => NO HYDROGEN BONDS DETECTED!"
print x > out1
print x > out2
print x > out3
}
else if (avgLT > 0) {
avgAvgLT = avgLT / denom
avgFrames = totFrames / denom
close(out1)
while ((getline < out1) > 0) {
avgLTsq += (($1 - avgAvgLT) ^ 2)
avgFramessq += (($2 - avgFrames) ^ 2)
}
close(out1)
printf "\n Summary data for hbond lifetime analysis:\n\n" > out2
printf " Summed Avg Lifetime: %10.4f\n", avgLT > out2
printf " Average Lifetime: %10.4f\n", avgAvgLT > out2
printf " Summed Frames: %10.0f\n", totFrames > out2
printf " Average Frames: %10.4f\n", avgFrames > out2
printf "\n Summary data for hbond lifetime analysis:\n\n" > out3
printf " Summed Avg Lifetime: %10.4f\n", avgLT > out3
printf " Average Lifetime: %10.4f\n", avgAvgLT > out3
printf " Summed Frames: %10.0f\n", totFrames > out3
printf " Average Frames: %10.4f\n", avgFrames > out3
if (denom == 1) {
x = " Single HBOND event, no SD or SEM calculation possible!"
print x > out2
print "" > out3
print x > out3
}
else if (denom > 1) {
sd_avgLT = sqrt(avgLTsq / (denom - 1))
semAvgLT = (sd_avgLT / (sqrt(denom)))
sd_totFrames = sqrt(avgFramessq / (denom - 1))
semTotFrames = (sd_totFrames / (sqrt(denom)))
printf "\n SD lifetime: %10.4f\n", sd_avgLT > out2
printf " SEM lifetime: %10.4f\n", semAvgLT > out2
printf " SD Frames: %10.4f\n", sd_totFrames > out2
printf " SEM Frames: %10.4f\n\n", semTotFrames > out2
printf "\n SD lifetime: %10.4f\n", sd_avgLT > out3
printf " SEM lifetime: %10.4f\n", semAvgLT > out3
printf " SD Frames: %10.4f\n", sd_totFrames > out3
printf " SEM Frames: %10.4f\n\n", semTotFrames > out3
if (denom == 2) {
x = " 2 Hydrogen bond events found! No proper SD or SEM!"
print "" > out2
print x > out2
print x > out3
}
}
print "\n\n----------------------------------------\n" > out3
close(out1)
close(out2)
close(out3)
}
Очевидно, что цикл while getline для out1 на самом деле не нужен, так как вы можете просто хранить данные в массиве вместо записи в out1 в основной части скрипта, например.:
FNR == 1 {
if ( NR != 1 ) {
endfile()
}
avgLT = totFrames = denom = 0
out1 = "analLT_" FILENAME
out2 = "sumLT_" FILENAME
out3 = "reportLT.txt"
print "-> Input file is: " FILENAME > out3
next
}
{
avgLT += $4
totFrames += $5
++denom
fnr2avgLT[FNR] = avgLT
fnr2totFrames[FNR] = totFrames
}
END {
endfile()
}
function endfile( i, x, avgAvgLT, avgFrames, sd_avgLT,
semAvgLT, sd_totFrames, semTotFrames )
{
if (avgLT == 0 && denom == 0 ) {
x = "\nNO DATA POINTS IN INPUT => NO HYDROGEN BONDS DETECTED!"
print x > out1
print x > out2
print x > out3
}
else if (avgLT > 0) {
avgAvgLT = avgLT / denom
avgFrames = totFrames / denom
for (i=1; i<=FNR; i++) {
avgLT = fnr2avgLT[i]
totFrames = fnr2totFrames[i]
printf "%10.4f %10.1f\n", avgLT, totFrames > out1
avgLTsq += ((avgLT - avgAvgLT) ^ 2)
avgFramessq += ((totFrames - avgFrames) ^ 2)
}
printf "\n Summary data for hbond lifetime analysis:\n\n" > out2
printf " Summed Avg Lifetime: %10.4f\n", avgLT > out2
printf " Average Lifetime: %10.4f\n", avgAvgLT > out2
printf " Summed Frames: %10.0f\n", totFrames > out2
printf " Average Frames: %10.4f\n", avgFrames > out2
printf "\n Summary data for hbond lifetime analysis:\n\n" > out3
printf " Summed Avg Lifetime: %10.4f\n", avgLT > out3
printf " Average Lifetime: %10.4f\n", avgAvgLT > out3
printf " Summed Frames: %10.0f\n", totFrames > out3
printf " Average Frames: %10.4f\n", avgFrames > out3
if (denom == 1) {
x = " Single HBOND event, no SD or SEM calculation possible!"
print x > out2
print "" > out3
print x > out3
}
else if (denom > 1) {
sd_avgLT = sqrt(avgLTsq / (denom - 1))
semAvgLT = (sd_avgLT / (sqrt(denom)))
sd_totFrames = sqrt(avgFramessq / (denom - 1))
semTotFrames = (sd_totFrames / (sqrt(denom)))
printf "\n SD lifetime: %10.4f\n", sd_avgLT > out2
printf " SEM lifetime: %10.4f\n", semAvgLT > out2
printf " SD Frames: %10.4f\n", sd_totFrames > out2
printf " SEM Frames: %10.4f\n\n", semTotFrames > out2
printf "\n SD lifetime: %10.4f\n", sd_avgLT > out3
printf " SEM lifetime: %10.4f\n", semAvgLT > out3
printf " SD Frames: %10.4f\n", sd_totFrames > out3
printf " SEM Frames: %10.4f\n\n", semTotFrames > out3
if (denom == 2) {
x = " 2 Hydrogen bond events found! No proper SD or SEM!"
print "" > out2
print x > out2
print x > out3
}
}
print "\n\n----------------------------------------\n" > out3
close(out1)
close(out2)
close(out3)
}
Все вышеперечисленное, конечно же, не тестировалось, поскольку вы не предоставили нам никаких образцов входных/выходных данных для тестирования, но, надеюсь, любые ошибки будет легко обнаружить и исправить.