Вопросы Теги

Запуск конвейера в linux [закрыто]

Puede reconstruir el paquete del receptor citrix -con su propio paquete:

El siguiente código no está probado. Podría colocarse en environment.systemPackagesen configuration.nix. 

(citrix-reveiver.override {
  cacert = stdenv.mkDerivation {
    name = "symantic-cacerts";
    src = null;
    unpackPhase = ":";
    installPhase = ''
      ${pkgs.unzip}/bin/unzip ${./roots.zip}
      mkdir $out/etc/ssl/certs/
      find. -name "*.pem" -type f | xargs cat > $out/etc/ssl/certs/ca-bundle.crt
    '';
  };
})
-2
03.03.2019, 01:40
1 ответ

Учитывая ограниченность информации в вашем вопросе и предполагая, что ваша bamtofastqкоманда — это эта из пакета bedtools, я пришел к следующему:

#!/bin/bash

bamfiles=(
    /path/to/file1.bam
    /path/to/file2.bam
    /path/to/file3.bam
)

for file in "${bamfiles[@]}"; do
    fname=$(basename "$file")
    fdir=$(dirname "$file")
    bedtools bamtofastq -i "$file" -fq "${fdir}/${fname%.bam}.fq"
done

Это предполагает, что вы хотите вручную передать все ваши bam-файлы в сценарий и хотите, чтобы файлы.fq находились в том же каталоге, что и соответствующий bam-файл. Если это не так, предоставьте дополнительную информацию, которая поможет нам более эффективно ответить на ваш вопрос.

3
28.01.2020, 05:15

Теги

Похожие вопросы