содержимое из pwd, которое не удалось заменить с помощью sed [дубликат]
Deberías echar un vistazo a bup
Very efficient backup system based on the git packfile format, providing fast incremental saves and global deduplication (among and within files, including virtual machine images).
bup admite bup -fsck(con par2)
verify or repair a bup repository
0
user977828
02.10.2018, 02:40
Ссылка
2 ответа
Вместо этого вы можете попробовать эти команды:
sed -ri.bak "s#software/bwa/bwa-0.7.12/bwa#`which bwa`#g" mapping_arima.sh
sed -ri.bak "s#software/samtools/samtools-1.3.1/samtools#`which samtools`#g" mapping_arima.sh
1
Gilles 'SO- stop being evil'
28.01.2020, 02:23
Ссылка
Подстановки команд $(…)не заключаются в одинарные кавычки.
Вы можете попробовать:
sed -i.bak "s|/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa|$(which bwa)|g" mapping_arima.sh
sed -i.bak "s|/software/samtools/samtools-1.3.1/samtools|$(which samtools)|g" mapping_arima.sh
Но если это скрипт, используйте:
#!/bin/sh
file=mapping_arima.sh
from01='/software/bwa/bwa-0.7.12/bwa'
to01=$(which bwa)
from02='/software/samtools/samtools-1.3.1/samtools'
to02=$(which samtools)
sed -i.bak "s|$from01|$to01|g" "$file"
sed -i.bak "s|$from02|$to02|g" "$file"
2
ImHere
28.01.2020, 02:23
Ссылка