Совместное использование Ubuntu управляет с Windows

Решение с помощью Perl:

Содержание entity.txt:

$ cat entity.txt
624197
624252
624264
624276
624280
624309
624317

Содержание reference.txt:

$ cat reference.txt 
624252|624346
624264|1070122
624264|624346
624276|624588
624280|624346
624280|624582
624298|624588
624319|333008
624330|624588

Содержание сценария Perl:

$ cat script.pl
use warnings;
use strict;

## Check arguments.
@ARGV == 2 or die qq[Usage: perl $0 <entity-file> <reference-file>\n];

## File in process.
my $process_file = 1;

## Hash to save entities.
my %entity;


while ( <> ) {
        ## Process file of entities. Remove leading and trailing spaces, and save the
        ## number to a hash.
        if ( $process_file == 1 ) {
                s/\A\s*//;
                s/\s*\z//;
                if ( defined $_ ) { $entity{ $_ } = 1 }
                next;
        }

        ## Process file of references. Get first field and search it in the hash.
        ## If found, print the line.
        my @f = split /\|/, $_, 2;
        if ( exists $entity{ $f[0] } ) {
                print;
        }

} continue {
        ## Increment number when end processing first file.
        if ( eof ) { ++$process_file }
}

Запущение скрипта без аргументов:

$ perl script.pl
Usage: perl script.pl <entity-file> <reference-file>

Запущение скрипта с аргументами и результатом:

$ perl script.pl entity.txt reference.txt 
624252|624346
624264|1070122
624264|624346
624276|624588
624280|624346
624280|624582