Вопросы Теги

Я хочу сравнить и сопоставить два файла и распечатать их в один файл

У меня есть два файла, файл1 и файл2

файл1: 

  r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9

  r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7

  r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5

  r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9

файл2: 

  sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9

  ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5

  sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4

  sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5

  sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7

Я хочу сопоставить «abc, bcd, acd и xyz» файла1 с файлом2. Всякий раз, когда он соответствует файлу file2, я хочу распечатать его следующим образом.

Вывод: 

 r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9     ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5

 r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7     sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9

 r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5     sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5

 r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9     sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4


  sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7

можно использовать Perl или sed. может кто-нибудь дать мне идеи поработать над этим.

0
21.10.2016, 05:12
2 ответа

Если вы просто хотите использовать простые массивы bash - 

#read in the data from 2 files
unset arr1; declare -A arr1; 
while read -r -u3 line; do \
    i=${line%_*}; \
    i=${i#*_}; \
    arr1[$i]+=" $line"; \
done 3< <(cat f1 f2); \
exec 3<&-
#output array by iterating throug the keys
for k in "${!arr1[@]}"; do \
     echo ${arr1[$k]}; \
done | sort

Вывод - 

r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9 ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5
r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5 sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5
r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7 sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9
r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9 sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4
sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7
0
28.01.2020, 04:49

Используя join, sort и sed: 

join -j 2 -t_ -a 1 -a 2  -o 1.1,1.2,1.3,1.9999,2.1,2.2,2.3 \
     <(sort -t_ -k2 file1) <(sort -t_ -k2 file2) | \
     sed 's/__/  /g;s/^ *//g' | sort
  1. sort file1 & file2 с помощью *process-подстановки bash, затем...
  2. Используя _ в качестве разделителя полей, соедините два отсортированных файла по общим экземплярам поля #2, а также выведите по отдельности все строки из обоих файлов, которые не совпадают. Несуществующее поле 1.9999 разделяет каждую объединенную пару дополнительным _ для упрощения шага #3.
  3. Очистите некрасивые фрагменты вывода с помощью sed.
  4. отсортируйте результаты.

Output:

r11_abc_gkhsa 1.0 1.5 1.9  ab1_abc_gkhsa 1.6 1.4 1.5
r11_acd_gkhsa 1.3 1.6 1.5  sd1_acd_gkhsa 1.2 1.3 1.5
r11_bcd_gkhsa 1.0 1.5 1.7  sd1_bcd_gkhsa 1.8 1.5 1.9
r11_xyz_gkhsa 1.0 1.5 1.9  sfs_xyz_gkhsa 1.4 1.6 1.4
sfs_ryb_gkhsa 1.5 1.2 1.7
0
28.01.2020, 04:49

Теги

Похожие вопросы