На самом деле, у вас нет проблем. Это потому, что обе команды показывают правильную информацию. Это другое, потому что ls
показывает размер файла (когда вы открываете и читаете его, это количество байтов, которое вы получите), а
du
показывает фактический диск использование, которое может быть меньше размера файла из-за дыр.