Программа для идентификации файлов от незаконченных загрузок потока?

Если Ваш grep поддерживает его; Вы могли сделать проверку grep.

grep -P '\x00{NNN}' File

Где NNN - то, какому количеству непрерывно нулевых байтов Вы хотите соответствовать. Обычно был бы макс. USHRT_MAX или 65535.

-P необходим для использования \x00

Перечислять использование смещений:

grep -Pboa '\x00{NNN}' File

Так что-то в направлении:

for f in *; do
    [ -e "$f" ] || break
    if grep -Pq '\x00{1000}' "$f"; then 
        mv "$f" ../likely_corrupt
    fi
done

Еще Вы могли использовать hexdump, xxd и т.п. и соответствие для 000....

hexdump -ve '/1 "%02X"'

Но это было бы сумасшедшее медленный.

_{Наконец очень короткая программа C могла сделать то же.}