Julies простое решение, остановка и перезапуск службы как скрипт (Debian Linux):
#!/bin/sh
service cron stop
...
dowhatyouwant
...
service cron start
Или удалите временный crontab:
crontab -l > cronsafe
crontab -r
dowhatyouwant
crontab cronsafe
Подход для коротких прерываний; отправьте сигнал STOP в cron и возобновите с CONT, например
killall -STOP cron
dowhatyouwant
killall -CONT cron