Проблема может быть в настройках BIOS. Возможно, ваш компьютер даже не ищет съемные диски при загрузке.
На большинстве ПК вы можете переопределить вариант загрузки по умолчанию (загрузка с жесткого диска), вызвав меню загрузки при запуске (F10, F12 или что-то еще, в зависимости от компьютера). Или измените порядок загрузки по умолчанию в биосе: USB (первый), жесткий диск (второй) и т. д.
вы можете использовать
rsync -ani source destination
если будут изменения прав доступа к файлу, вы увидите вывод, подобный
rsync -ani 1 new/
.f...p..... 1
флаги идентифицируют измененный параметр файла