Поскольку вы запустили команду rm -rf /
как пользователь без полномочий root (при условии, что это ваш пользователь), команда удалит только файлы, принадлежащие вашему пользователю без полномочий root. :
Также команда rm -rf /
может удалить файлы, которые доступны для групповой записи одной из групп, к которым принадлежит ваш пользователь.
В большинстве случаев достаточно восстановить домашний каталог