с использованием тильды в переменной пользователя

Даже с -P, который включает (?x:), вы не можете игнорировать символы новой строки. Для пробелов и табуляции это работает:

echo abab | grep -P $'(?x:a b a\tb)'

Но новая строка работает иначе:

echo ab | grep -P $'(?x:a\nb)'
grep: the -P option only supports a single pattern

По крайней мере, в GNU grep 2.16.