В конце концов, я сам нашел ответ.
Я вызываю терминал и запускаю команду. И тут автозапуск заработал.
gnome-terminal -e "/usr/bin/gdbus call --session --dest org.gnome.Shell --object-path /org/gnome/Shell --method org.gnome.Shell.Eval 'box=Main.panel.actor.get_parent();'"
sleep 3
gnome-terminal -e "/usr/bin/gdbus call --session --dest org.gnome.Shell --object-path /org/gnome/Shell --method org.gnome.Shell.Eval 'box.visible=false;'"
Это было странно, но теперь все работает нормально.