Как удалить поврежденный каталог

Есть несколько способов сделать это.

Если вас устраивает расположение разделов и т. д., просто установите Ubuntu на разделы, которые использует Kali, отформатировав их в процессе установки. Ubuntu напишет новую версию grub, которая ссылается на себя и Windows, и все.

Если вас не устраивает схема разделов, которую использует Kali, загрузитесь с CD/DVD Ubuntu и удалите все разделы Linux, а затем используйте диск Windows для исправления загрузчика Windows. Теперь у вас есть автономная машина Windows с неразмеченным пространством на диске. Снова загрузитесь с установщиком Ubuntu и установите его на свободное место, используя любую схему разбиения, которая вам нравится.