Если вы знаете, с какими расширениями файлов вы имеете дело, вы можете жестко запрограммировать их:
for f in *.JPG
do
mv "$f" "${f%.JPG}.jpg"
done
Для более общего случая:
for f in *
do
e="${f##*.}"
b="${f%.*}"
mv "$f" "${b}.${e,,}"
done
Где тяжелая работа выполняется с расширением переменной bash to:
,,
) в процессе