HD 530 + GTX970 = черный экран с nvidia optimus

В данном случае нет смысла иметь конвейер, так как первая часть конвейера не производит ввод для вторая часть, а вторая часть ничего не читает из стандартного ввода.

Вместо этого просто используйте

$ sort -o .file1 .file1

Это отсортирует файл .file1 "на месте".

При запуске конвейера оболочка создала .file2 как пустой файл, и mv успел заменить .file1 этим до того, как sort удалось отсортировать содержимое .file1. Все части конвейера запускаются одновременно.

Для восстановления выполните восстановление из резервной копии.