Команды, которые вы используете для создания пользователя и его домашнего каталога, смогут создать домашний каталог только в том случае, если непосредственный родительский домашний каталог уже существует. Это не удастся, если он не сможет найти родительскую папку, в которой должен находиться домашний каталог, или если домашний каталог уже существует.
Это означает, что
$ mkdir -p /some/dir/myhome
$ useradd --home-dir /some/dir/myhome ...
не будет работать, поскольку /some/dir/myhome
существует, тогда как
$ rm -rf /some/dir
$ useradd --home-dir /some/dir/myhome ...
не будет выполнено, поскольку /some/dir
не существует.
Просто убедитесь, что каталог, в котором будет создан домашний каталог, существует, т.е. в вашей ситуации
mkdir -p /opt/atlassian