bash: Как определить наибольший номер (новейшую версию) из: ls *.tar.gz | cut -c 2-4

Обычно это происходит из-за двойных кавычек.

Цитирование раздражает, поэтому попробуйте вместо этого использовать функцию оболочки:

mysed() {
    sed 's/\s.*$// ; s/\(.*\)/\L\1/'
}
export -f mysed

parallel -a oldfile.txt -k --block -1 --pipe-part mysed > newfile.txt