mongo.so нормально работает с php apache ini, но не с php cli
xterm -hold -e cmd запустит cmd в новом окне xterm, а затем оставит окно открытым после выхода из команды (обычно окно закрывается ).
Если вы хотите, чтобы интерактивная оболочка отображалась в окне после запуска исходной команды, то
xterm -e 'cmd; bash'
сделает это. Нет необходимости в -hold, так как окно не закрывается до выхода из сеанса оболочки.
xterm может использоваться для запуска любой программы. По умолчанию он запускает оболочку, но с -e вы можете изменить это поведение по умолчанию. xterm -e mutt, например, запустит программу чтения электронной почты mutt вместо оболочки.
mongo.so - это старый драйвер, но вам нужен новый https://pecl.php.net/package/mongodb и он должен быть установлен как описано здесь http://mongodb.github.io/mongo-php-driver/#installation
Вам нужны по крайней мере эти пакеты для сборки php5 php-pear php5-dev openssl pkg-config libpcre3-dev