Ответ в комментариях выше см. ответы @Philippos и @George Vasiliou
Вкратце ответ таков: grep -Fwf FILE2 FILE1 > out
У меня возникла проблема, из-за которой я выполнил команду, которая скопирует FILE1. Это происходило из-за того, что в FILE2 заканчивались пустые строки. Когда я удалил их, команда работала отлично.
Поскольку часть моего текста в файлах может не совпадать с регистром, я включил -i в приведенную выше команду.
Спасибо всем, кто помог.