В конце концов, я просто создал несколько оверлеев, по одному для каждого из интересующих меня каталогов верхнего уровня.
Суть упражнения заключалась в том, чтобы изолировать изменения, сделанные во время установки пакета, и, похоже, это помогает по большей части достаточно хорошо.
#/bin/bash
array=( lib home opt bin boot var etc usr srv lib64 root sbin )
mkdir -p /ovl
cd /ovl
rm -rf /ovl/overlay
rm -rf /ovl/workdir
mkdir -p /ovl/overlay
mkdir -p /ovl/workdir
for i in "${array[@]}"
do
mkdir -p /ovl/overlay/${i}
mkdir -p /ovl/workdir/${i}
mount -t overlay overlay -o lowerdir=/${i},upperdir=/ovl/overlay/${i},workdir=/ovl/workdir/${i} /${i}
done