С
(( count + 3 ))
Вы просто добавление 3 к $count и отбрасыванию результата. Попробуйте
(( count = count + 3 ))
базовое имя удаляет часть каталога. Можно вернуть его с командой dirname
touch "$(dirname "$UNZIPFILE")/$(basename "$UNZIPFILE").done"
Может попробовать
touch./directoryYouWantFileIn/Whateveryouwantfilenamed.whateverExtension
Я думаю, вам нужен полный путь к тому месту, где вы хотите это сделать.