start-stop-daemon не был записан файл pid

Всегда есть другое решение. Используя awk, вы можете сделать это с помощью следующего скрипта:

awk '{if( ($0~/^#/ && $0!~/^##/) || $0~/^chr1/){print $0}}' file

Где первая часть выглядит, если строка начинается с #, но не ##, а вторая часть получает строка, если она начинается с chr1, затем распечатывает результат.