Увы, насколько я могу судить, Gnome Keyring не поддерживает новый формат файла для закрытых ключей. По крайней мере, в системе отслеживания ошибок Gnome Keyring есть два отчета об ошибках, в которых говорится об этом:
Ошибка 750986 говорит о том, что PBKDF2 не поддерживается. PBKDF2 включен по умолчанию для нового формата файла.
Ошибка 702529 говорит о том, что новый формат файла не поддерживается (см. комментарий 1).