Логический том — это не то же самое, что файловая система. Файловая система может быть лишь небольшой частью логического тома.
Скорее всего, файловая система не охватывает весь том, и вам придется изменить размер раздела, информацию LVM, а затем изменить размер файловой системы (с помощью resize2fs).
или , если вы используете EXT3 или EXT4, это может быть просто пространство, зарезервированное для корневых и системных служб, и в этом случае вы можете использовать tune2fs, чтобы освободить пространство.
Вы можете проверить, сколько зарезервировано:
sudo tune2fs -l /dev/sda1 | grep 'Reserved block count'
(Замените sda1 фактическим диском).