Слияние является результатом выбранного формата загрузки видео. Параметры формата объясняются в официальном файле README.
Во избежание слияния следует использовать «лучший» формат. Например, так:
youtube-dl -f best https://...your_url
Или, если вы хотите установить максимальную ширину/высоту по пути:
youtube-dl -f 'best[width<=1920,height<=1080]' https://...your_url