Эта проблема была вызвана тем, что на внешнем диске была папка .Trash-1000
со всем содержимым, которое я видел в Nautilus.
Чтобы удалить эти файлы, мне пришлось перемонтировать диск как доступный для записи:
sudo mount -o remount,rw /partition/identifier /mount/point
После этого я смог rm -rf .Trash-1000/
на диске, и файлы больше не были видны как часть корзины в Nautilus.