Как я могу заставить скрипт perl более разумно разбирать блоки?

Вам нужно либо убрать восклицательные знаки, либо использовать одинарные кавычки:

echo dog\!\!
echo 'dog!!'

(Это не объясняет, почему ваш echo "dog\!\!" не работает, но он должен работать, я не знаю, почему он не работает. Или, по крайней мере, он не должен действовать на историю; в Bash он выведет dog\!\! .)