Я нашел решение
когда система выключается, все службы будут закрыты с помощью: /etc/init.d/name_of_service stop
но unattended-upgrades не запускается при загрузке по причинам, и это сбивает его с толку при выключении, так что для исправления этого откройте crontab от имени root (sudo crontab -e) и впишите:
"@reboot /etc/init.d/unattended-upgrades start"
Это исправило это для меня, поэтому я надеюсь, что это исправит и для всех остальных