Да. Любая ОС может смонтировать все разделы на своем загрузочном диске - это нормально.
сначала получить md5sum
из каталога1 все файлы и записать в файл.
find dir1 -type f -exec md5sum '{}' + >dir1_checksum.txt
Затем найдите все контрольные суммы файлов directory2 и выведите те контрольные суммы, которые не совпадают, используя grep -vf filename
.
find dir2 -type f -exec md5sum '{}' + | grep -vf dir1_checksum.txt