как заархивировать отдельный каталог, а не всю структуру каталогов

Чтобы заставить sed повторять подстановку для всех совпадений в строке, добавьте флаг g после последнего /:

$ sed 's/[^"]*blah/N&/g' test.txt

Флаг g заставит подстановку производиться "для всех непересекающихся совпадений регулярного выражения, а не только для первого" (цитата из руководства на моей системе).

Я также немного изменил регулярное выражение, чтобы совпадали все символы, которые не являются " перед blah. Таким образом, подстановка вставит N непосредственно перед первой цифрой, сразу после ".