Вы не можете использовать U2F с SSH. Была попытка реализовать это два года назад, когда U2F был чем-то новым и модным, но с тех пор я никогда не слышал об этом, и в этом нет никакого прогресса.
Если вы действительно этого хотите, вы можете исправить свой OpenSSH с помощью патча, прикрепленного к этой ошибке исходного кода , но учтите, что у нее могут быть некоторые проблемы, даже если она была проверена разными людьми.