Это должно сработать:
$ pattern=$(cut -d, -f 3 file2)
$ grep -v -e "$pattern" file1
В вашем примере grep пропускает свой шаблон. Более того, grep может читать либо файл, либо stdin (по каналу), но не оба. Если имя файла не указано, grep читает из stdin.
Также это может сработать:
$ grep -v -f <(cut -d, -f3 file1) file2
Извините, это не проверено.
Это JSON, а инструменты Linux не очень подходят для работы с JSON. И ваши условия не очень ясны ... Но этот однострочный Perl выводит из вашего примера строку «I win»
perl -0777 -nE 's/.*"(.+?)","confidence".*/$1/s; say'