Моя скомпилированная программа запускается через init.d, но в итоге погибает

Вы можете полностью удалить файловую систему с помощью wipefs.

В вашем случае (как root):

wipefs --all /dev/sdb

Но, чтобы все было понятно, убедитесь, что вы стираете правильный диск. Другими словами, дважды и трижды проверьте, что dev/sdb - это действительно правильный диск, чтобы не удалить что-то другое. Вы были предупреждены!

В любом случае, после этого попробуйте отформатировать диск снова.

Вот ссылка на wipefs manpage для Ubuntu. А вот еще одна ссылка из отличной Arch wiki:

Чтобы восстановить USB-накопитель как пустое, пригодное для использования устройство хранения после использования образа Arch ISO, подпись файловой системы iso9660 должна быть удалить, выполнив wipefs --all /dev/sdx от имени root, прежде чем переразметки и переформатирования USB-накопителя.