Добавление команды в конец файла недостаточно для фактического источника файла, поскольку для достижения этой команды потребуется источник файла, что приведет к двойному источнику.
Более вероятно, что вы сделали что-то в промежутке, например, перезапустили сеанс терминала и перезапустили tmux (или просто перезапустили tmux), что должно было вызвать команду source в конфигурационном файле tmux.
Наличие source ~/.tmux.conf
в конце ~/.tmux.conf
является избыточным и ненужным.