Оболочка показывает, что у меня есть почта, но как ее проверить

Вы можете сделать что-то вроде:

$ join -o 0,1.2,2.2 -a 1 <(sort -k 1,1 FILE1) <(sort -k 1,1 FILE2) |
     awk '{print $1, $NF}'
A 12
E 120
M 1.3
R Y
S hostname1
T SSL

Или сохранить порядок строк в FILE1 :

$ awk '!n {a[$1] = $2; next}
   {print $1, $1 in a ? a[$1] : $2}' FILE2 n=1 FILE1
M 1.3
A 12
S hostname1
T SSL
E 120
R Y