Вероятно, выводится стандартная ошибка. Перенаправьте стандартную ошибку в стандартный вывод, чтобы зафиксировать ее:
$ VAR=$( nc -v -l 82 2>&1 )
или, возможно, вы захотите перенаправить исходный стандартный вывод в файл:
$ VAR=$( nc -v -l 82 2>&1 >output )
При использовании командной оболочки добавление префикса nohup к команде предотвращает автоматическое прерывание команды при выходе из системы или выходе из оболочки.
nohup mycommand &
или
ssh -n -f user@host "sh -c 'cd /whereever; nohup./whatever > /dev/null 2>&1 &'"
Он должен продолжать работать даже после отключения.