Я не могу удалить папку из сервера

Выполнение ниже справки?

system('rm -Rf some_dir');

<?php

chmod("folder_name",0700);   // Read, write, execute for owner
rmdir("folder_name");

?>

Если вы используете общий хостинг, вы можете изменить права доступа к папкам с помощью файлового менеджера, предоставляемого вашей панелью управления.

Например, в CPanel у вас есть файловый менеджер, который позволяет вам изменять права доступа к файлам и папкам.