Как я могу следить за созданием определенного "запускающего файла"?

Прежде всего, я рекомендую вам установить службу ntp с помощью apt-get install ntp.

Для синхронизации аппаратных часов с системными вы можете использовать команду hwclock с опцией --systohc или -w

hwclock -w

это установит аппаратные часы на текущее системное время