Получить ссылку на дескриптор файла stdin процесса Node.js, он также должен работать на MacOS

Вы используете одинарные кавычки вокруг $ file , что означает, что переменная не раскрывается:

$ var="foo"
$ echo "$var"
foo
$ echo '$var'
$var

Итак, команда, которую вы ищете (с некоторыми дополнительными улучшениями):

while read -r file; do 
    ffmpeg -i "$file" -c:v libx265 -x265-params crf=23 -preset medium -c:a copy -c:s copy "${file%.mkv}_new.mkv"
done < mkv-analysis.csv 

Обратите внимание, что нет необходимости в cat и совершенно бессмысленно запускать команду в качестве подстановки команды ( $ (command) ). Это необходимо только тогда, когда вы хотите зафиксировать вывод команды в переменной.