Как сделать так, чтобы параметры загрузки альтернативных ядер отображались в меню GRUB верхнего уровня?

Я не привык к Gentoo (только Ubuntu). Но там в /etc/grub.d/10_linux конфигурация выполняется с использованием переменных, определенных в /etc/default/grub (в Gentoo пути могут отличаться). См. man grub-mkconfig или info -f grub -n 'Простая конфигурация'. Последний говорит:

The file '/etc/default/grub' controls the operation of
'grub-mkconfig'.  It is sourced by a shell script, and so must be valid
POSIX shell input; normally, it will just be a sequence of 'KEY=value'
lines...

'GRUB_DISABLE_SUBMENU'
     Normally, 'grub-mkconfig' will generate top level menu entry for
     the kernel with highest version number and put all other found
     kernels or alternative menu entries for recovery mode in submenu.
     For entries returned by 'os-prober' first entry will be put on top
     level and all others in submenu.  If this option is set to 'y',
     flat menu with all entries on top level will be generated instead.
     Changing this option will require changing existing values of
     'GRUB_DEFAULT', 'fallback' (*note fallback::) and 'default' (*note
     default::) environment variables as well as saved default entry
     using 'grub-set-default' and value used with 'grub-reboot'.

Итак, найдите /etc/default/grub (или где бы он ни был) и установите GRUB_DISABLE_SUBMENU=y. Затем перезапустите grub-mkconfig.