Извлечь указанные типы из zip-файла

Вы можете сделать это с помощью цикла оболочки:

for i in $(seq 1 3); do
    gawk -F" " '{print $2, $7, $8, $9}' acr30R_vs_acr30NR_${i}.assoc.logistic >>/mnt/jw01-aruk-home01/projects/jia_mtx_gwas_2016/common_files/output/imputed_dataset/all_50_mi_datasets/acr30R_vs_acr30NR_combined_coefficients/acr30nr_r_logistic_${i}.txt
done

Вы можете заменить значения 1 и 3 соответствующим образом в первой строке. Обратите внимание на $ {i} во второй строке (в двух местах): они по очереди заменяются каждым значением в последовательности.