Одно использование у меня были жесткие ссылки при загрузке или распаковке битого файла. Программа, которая выполняет загрузку или распаковку (например, unzip или unrar), часто автоматически удаляет неполный файл, когда обнаруживает ошибку, и обычно нет возможности сохранить его. Если я хочу сохранить файл, я могу сделать на него жесткую ссылку.