hard vs - in limits.conf

С GNU datamash

datamash -t: groupby 1 collapse 2 < file
A:1,2,3
B:a,b
C:pp
D:rr

Если вам нужны подсчеты,

datamash -t: groupby 1 collapse 2 count 2 < file
A:1,2,3:3
B:a,b:2
C:pp:1
D:rr:1

Вы также можете countunique, если вам нужно количество уникальных полей.