Можно отредактировать /etc/pacman.conf
и добавьте название своего пакета к IgnorePkg
строка. Тот путь, pacman не коснется Вашего пакета обновления.
Нет. Если Вы хотите иметь, несколько передают зоны, необходимо определить каждого индивидуально, неважно, являются ли средства передачи тем же или не для каждого из них.