Существует ли FUSE, который разрешает прозрачно получать доступ к возрастающим резервным копиям?

Символьные ссылки намного легче, чем другие подходы, но я не назвал бы их "чистым" подходом - Если Вы удаляете символьную ссылку, например, Вы только удаляете ссылку, не файл, на который она указывает, приводя к тому, что похоже на непоследовательное поведение. Можно использовать, например, связывают, монтируется:

mount --bind /media/my-disk /home/user/Documents

Это обычно неотличимо от реальной вещи.