Вместо Вина просто используйте использование виртуальной машины Windows VirtualBox. Я использовал тот метод в школе, и это работало вполне хорошо. Если виртуальная машина заражается вирусом, просто удалите ее и сделайте новую.
Вы должны знать, что Wine - это не песочница . Программы, работающие под Wine, не ограничиваются Windows API; Теоретически вирус, осведомленный о Wine, может легко обнаружить, что он работает под Wine, и переключиться на использование API хоста (например, Linux), чтобы нанести столько же вреда, сколько вредоносное ПО для Linux.
Самый надежный способ изоляции - полная виртуальная машина. Менее полными (но, возможно, более практичными) способами было бы запустить программу под Wine внутри chroot или контейнера, однако при этом ядро хоста остается открытым.