History -c, где все стертые истории были сохранены и в каких каталогах?

Если ваш PHP-скрипт устанавливает прямые SMTP-соединения, он открывает сокет (обычно порт 25, но это может быть любой порт). К сожалению, вы не найдете полный почтовый журнал, потому что ваш сервер никогда не узнает, что это почтовое соединение, и, следовательно, не сможет его зарегистрировать (конечно, без особых ухищрений или осведомленности).

Одна вещь, которую вы можете сделать, это отправить всю вашу почту через MTA (такие как sendmail, qmail, exim и т.д.). Настройте MTA для использования SMTP. Тогда MTA будет перехватывать всю исходящую почту и регистрировать ее — как вы и ожидаете.

Еще одним приемом может быть модификация PHP-скрипта для ручного ведения журнала электронной почты, но я уверен, что вы об этом подумали.