В README для SpamAssassin рассказывается о запутанном способе, с помощью которого SpamAssassin считывает свои собственные файлы данных.
Начните читать со строки 95: http://svn.apache.org/viewvc/spamassassin/branches/3.4/README?view=markup#l95
Судя по этому, SpamAssassin, по крайней мере, в оригинальном официальном источнике, читается не из
/etc/spamassassin/
, а из
/etc/mail/spamassassin/
. Попробуйте переместить файл туда! :D